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9 nouveaux projets annuels lancés en 2021

Depuis 2011, les années du CEBA sont rythmées par quelques temps forts. Le premier trimestre de l’année offre ainsi l’opportunité au LabEx de financer plusieurs nouveaux projets annuels. Après une année 2020 à l’interface science / citoyen, l’Appel à Projets Annuels du LabEx CEBA 2021 était orienté “100% science“.

A la suite de plusieurs semaines d’évaluation, le comité scientifique et le comité de direction ont désigné les lauréats. En attendant le lancement de ces nouveaux projets, voici un rapide aperçu de ce dont on va parler en 2021.

ANNONA

Apports combinés de la chimie et la génomique pour une meilleure compréhension de la production d’acétogénines chez les espèces Annona.

David TOUBOUL, ICNS

La famille tropicale  des annonacées est l’une des familles de plantes tropicales les mieux étudiées (principalement des arbres; 110 genres et environ 2 430 espèces). Cette famille, et plus particulièrement le genre Annona, a une importance économique dans l’industrie agroalimentaire et les marchés locaux de fruits frais. Elle est utilisée pour une consommation alimentaire courante mais aussi en médecine traditionnelle. Des études suggèrent que la consommation de fruits d’Annonaceae et d’infusions d’herbes dérivées de ces plantes serait la cause d’une forte prévalence de cas de maladies de Parkinson atypiques et de démences rapportées en Guadeloupe, Martinique, Nouvelle-Calédonie et Guyane française. Des études phytochimiques et toxicologiques ont identifié les acétogénines annonacées (AAG), une classe de polycétides spécifiques aux Annonacées, comme neurotoxines candidates. Les agences françaises et européennes de sécurité alimentaire ont d’ailleurs exprimé leur inquiétude à ce sujet. Le projet ANNONA vise à combiner des approches de chimie et génomique pour répondre aux questions liées aux Annonacées présentes et consommées régulièrement en Guyane.

DRYER

Résilience à la sécheresse des forêts inondées de façon saisonnière

Marion Boisseaux, ECOFOG

Crédits, Marie Boisseaux

Lorsque l’on cherche à comprendre les stratégies végétales, un point crucial est encore trop rarement étudié… Dans quelle mesure la communauté microbienne contribue-t-elle au fonctionnement des forêts tropicales ? Dans les racines, les effets bénéfiques du microbiome sont connus pour favoriser l’absorption des nutriments, de l’eau, stimuler la croissance ainsi que la performance des plantes sous un stress abiotique. Le défi consiste maintenant à analyser comment les interactions arbre-microbiome affecteront la résistance et la résilience des plantes dans un environnement en évolution. En effet, des épisodes de sécheresse plus fréquents et plus intenses sont prévus sur le bassin amazonien. Ce projet est mené dans le cadre de la thèse de doctorat de M. Boisseaux sur les relations entre les traits mécanistes des espèces et leur répartition dans les habitats contrastés des forêts tropicales de Guyane dans un contexte de changement climatique. Il fournira un aperçu significatif des stratégies des espèces tropicales pour faire face à la sécheresse et améliorera nos prévisions du fonctionnement des écosystèmes sous les futurs régimes climatiques.

ENDOSHIFT

Succession écologique des endophytes bactériens et fongiques au cours du développement végétal.

Tristan Lafont Rapnouil, AMAP

Aechmea mertensii,
la broméliacée qui servira de modèle à ENDOSHIFT

Si les écologistes ont documenté les successions écologiques des communautés végétales, on en sait beaucoup moins sur celles des microorganismes associés aux plantes. Ces dernières forment des micro-habitats pour une grande diversité de microorganismes (le microbiote) affectant leur phénotype. Ce microbiote peut provenir de l’environnement abiotique de la plante mais également être transmis par la plante mère via la graine. Par sa nature, ce microbiote hérité pourrait être sélectionné et transmis au fil des générations et ainsi offrir des avantages précieux et durables à sa plante hôte. Cependant, la part des endophytes transmis par les graines et celle de ceux issus de l’environnement abiotique à mesure que la plante se développe reste très peu étudié. Le projet ENDOSHIFT explorera les effets de l’environnement et du développement de l’hôte sur la dynamique des assemblages microbiens tout en fournissant des connaissances fondamentales sur les taxons bactériens et fongiques associés aux racines et aux feuilles. ENDOSHIFT conduira à terme à une meilleure compréhension de l’influence du microbiote associé aux plantes sur la fitness de l’hôte et sur notre capacité à prédire l’établissement et la régénération des plantes d’écosystèmes naturels.

ForHunt Logging

Interaction entre la pression de la chasse forestière et l’exploitation forestière sur le nord de la Guyane: une enquête de suivi GPS couplée à une modélisation bioéconomique spatialisée.

Guillaume Salzet, ECOFOG

Schema recapitulatif ForHuntLogging

Après l’alerte du biologiste américain Kent H. Red­ford qui nous mettait en garde sur le « syndrome de la forêt vide », les nombreuses études se sont principalement concentrées sur le volet écologique de l’interaction complexe entre les espèces de gibier, les forêts et les activités humaines. La plupart de ces études ont révélé que les fonctions altérées des écosystèmes peuvent être liées au déclin des populations animales, et appellent ainsi à une amélioration de la conservation de la faune. Pourtant, la mise en place de cette conservation qui devrait étudier les interactions entre les secteurs industriels facilitant la chasse a reçu beaucoup moins d’attention. Le projet «ForHunt Logging» propose de pallier en partie ce manque en Guyane française. Plus précisément, le projet a pour objet la facilitation de la chasse par l’exploitation forestière avec comme innovation la prise en compte de la rationalité des chasseurs dans leur dispersion en forêt.  À termes, le projet a pour ambition d’estimer la répartition spatiale de l’impact de la chasse sur le nord de la Guyane en lien avec la planification forestière dans ces zones. Les résultats de ce projet apporteront de nouvelles connaissances en conservation de la faune adaptées à la facilitation due à l’exploitation forestière, ainsi que des cartes d’état de défaunation qui est un facteur essentiel dans les études sur les forêts tropicales.

GENA

Génomique de l’endotrophie chez les amphibiens

Antoine Fouquet, EDB

Un développement larvaire endotrophique – sans apport de nourriture externe – permet de s’affranchir de la phase larvaire aquatique exotrophique que l’on retrouve classiquement chez la plupart des Amphibiens. Cette adaptation a ouvert la voie à la colonisation d’une diversité de niches terrestres et a joué un rôle clé dans l’évolution des amphibiens. Cependant, les mécanismes génomiques et moléculaires de l’endotrophie restent largement inconnus. Les grenouilles amazoniennes du genre Anomaloglossus, notamment A. mitaraka et A. baeobatrachus qui coexistent en sympatrie en Guyane Française, présentent des modes de développement larvaire distincts (exotrophie vs. endotrophie). Le projet GENA propose de mettre à profit ce modèle particulièrement privilégié pour identifier les gènes candidats impliqués dans le basculement adaptatif entre exo- et endotrophie. Ce projet vise à jeter les bases d’un programme de recherche plus ambitieux qui explorera les mécanismes génétiques et les conséquences évolutives sous-jacentes à l’acquisition répétée du développement endotrophique chez les amphibiens en utilisant le cadre idéal fourni par Anomaloglossus.

OrA

Origine et Adaptation des parasites à de nouveaux environnements: le cas des agents paludéens du singe en Guyane Française

Virginie Rougeron, MiVEGEC

Partout dans le monde, le paludisme zoonotique est un problème de santé public en telle expansion que la communauté scientifique doute de la possibilité d’éliminer un jour la maladie. L’exemple le plus connu pour illustrer cette interrogation se trouve en Asie avec Plasmodium knowlesi, une espèce que l’on pensait confinée aux macaques et qui est maintenant considérée comme un parasite du paludisme humain. Le projet OrA, étudiera comment deux espèces de Plasmodium de petits singes Américains ont émergé en Amérique, P. simium et P. brasilalianum. Le premier obectif sera d’évaluer le panel d’espèces de primates non-humains dans lesquels circulent ces deux espèces de Plasmodium pour mieux comprendre leur écologie. Le second objectif, par la génération de génomes complets de ces parasites, sera d’étudier leur structure génétique en Guyane Française et plus largement en Amérique. Pour terminer, le dernier objectif sera d’examiner quelles régions de leurs génomes leur auraient permis de s’adapter génétiquement à différentes espèces de primates.

ORTEFA

Apparition et rôle des associations termites/champignons

Veronique Eparvier, ICSN

Après plusieurs années de recherche, les scientifiques ont pu démontrer lors d’études d’interactions chimiques entre des microorganismes mutualistes et leur hôte macroscopique, que les termites de Guyane pouvaient être fréquemment associés à des souches fongiques du genre Pseudallescheria. Plusieurs de ces souches ont été étudiées par des approches métabolomiques ciblées et il a été établi qu’elles produisaient des métabolites antifongiques spécialisés. Sur la base de ces travaux, le projet ORTEFA permettra de répondre à plusieurs questions. Tout d’abord, les chercheurs détermineront à quelle fréquence on retrouve Pseudallescheria sp associés aux termites en Guyane française ? Ils tenteront également de comprendre quelles sont les différences génétiques et métaboliques entre ces souches mais aussi comment les souches de Pseudallescheria se sont propagées dans l’environnement et comment ce champignon a pu se transmettre au cours de l’évolution des termites.

PAMELA

Décrypter le pathobiome des eaux côtières de Guyane

Jean-Christophe Auguet, MARBEC

Les maladies infectieuses affectant l’homme et la faune (y compris les animaux domestiques et le bétail) ainsi que la résistance aux antibiotiques constituent une menace importante et croissante pour la santé, l’économie, les ressources et la biodiversité à l’échelle mondiale. La plupart des recherches sont à ce jour concentrées sur les systèmes continentaux avec relativement peu d’efforts dirigés vers les habitats marins. Cependant, les risques liés à ces habitats représentent un défi majeur pour la santé et la production alimentaire dans le monde. En Guyane les contrôles marins ont montré une détérioration de la qualité de l’eau entraînant la fermeture de nombreuses plages publiques. Le projet PAMELA est une étude pilote dont le but est d’estimer la distribution du pathobiome (constitué d’organismes pathogènes) et du résistome (ensemble des gènes de résistance à un ou plusieurs antibiotiques) humains et de la faune marine dans 6 zones contrastées de la côte guyanaise afin de comprendre quels sont les facteurs environnementaux et /ou anthropiques favorisant l’émergence des maladies.

TIMESPAN

Un premier aperçu des écosystèmes pléistocènes de la Guyane française

Pierre-Olivier Antoine, ISEM

Argiles fossilifères pléistocènes, Lanceur ELA4, Kourou (crédit TIMESPAN)

Jusqu’à ces dernières années, la Guyane était une « terra incognita » pour les paléontologues… Malgré leur potentiel paléontologique, les formations côtières du Pléistocène et les terrasses alluviales n’avaient encore livré aucun spécimen fossile. Le projet TIMESPAN exploitera deux découvertes paléontologiques majeures récentes et fortuites. La première a été faite au Centre Spatial Guyanais, livrant des assemblages marins riches en espèces de ~ 125 ka et des fossiles continentaux âgés de 40 à 12 ka. La deuxième découverte vient d’Atouka, près de Maripasoula dans le parc Amazonien de Guyane ou des spécimens bien conservés du paresseux géant Eremotherium ont été trouvés fin 2020. TIMESPAN fournira des informations clés sur les premiers écosystèmes du Pléistocène en Guyane, des données de première main sur les paléo-biocénoses et les paysages, et des détails sur leur dynamique spatio-temporelle pendant la dernière période temporelle dénuée de toute perturbation d’origine humaine.