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Le metabarcoding: une méthode pour évaluer la biodiversité

Dans l’étude de la biodiversité, l’évaluation de la distribution ou la présence des organismes dans un milieu donné est une approche importante. Mais que faire si les espèces étudiées ne sont pas facilement accessibles ou encore si les milieux représentent une très grande diversité d’espèces? C’est là que l’ADN environnemental peut faciliter la tâche des chercheurs.

 

Krobia itanvi

Krobia itanyi, un poisson de la famille des cichlidae fréquemment rencontré dans les cours d’eau de Guyane (Crédits photo : I. Rogister).

En Guyane, les écosystèmes d’eau douce (criques, fleuves et marais) regorgent d’une grande diversité de poissons. Néanmoins, la turbidité, la profondeur et le courant rendent les observations scientifiques difficiles. L’échantillonnage classique se fait alors à l’aide de filets, ou d’agents toxiques. Non seulement ces méthodes sélectionnent des espèces particulières mais elles occasionnent également une forte mortalité. Leur utilisation est donc remise en cause par les chercheurs et la nécessité de développer des méthodes alternatives devient urgente.

Méthode émergente, l’ADN environnemental est une alternative non-invasive aux méthodes classiques. Elle est basée sur la détection et l’amplification de traces génétiques présentes dans l’échantillon prélevé. L’analyse des séquences obtenues par la suite permet l’identification des organismes présents dans le site étudié. En plein essor, cette méthode présenterait toutefois certaines faiblesses.

Hyphessobrycon roseus, un tétra (characidae) connu uniquement du bassin du Maroni  (Crédits photo : Y. Brosse).

Hyphessobrycon roseus, un tétra (characidae) connu uniquement du bassin du Maroni
(Crédits photo : Y. Brosse).

A travers leur étude, des chercheurs du laboratoire Evolution et Diversité Biologique (EDB) à Toulouse et membres du LabEx CEBA, ont voulu tester l’efficacité de cette méthode pour décrire la diversité des poissons d’eau douce et avoir une vision de l’assemblage des poissons dans les cours d’eau de Guyane. L’efficacité de cette méthode a été principalement étudiée dans les eaux tempérées de la planète et les résultats ont donné un aperçu réaliste de l’assemblage des poissons dans ces sites. L’intérêt était donc de vérifier l’efficacité de l’ADN environnemental en Guyane.

Ils ont échantillonné au total 39 sites en Guyane et ont comparé la diversité et la composition des assemblages en utilisant les méthodes traditionnelles de capture et la méthode de metabarcoding. Les résultats montrent que les méthodes traditionnelles fournissent un inventaire plus complet mais spatialement limité des assemblages de poissons alors que la méthode de metabarcoding en donne un inventaire partiel mais spatialement étendu. Ces observations poussent à conclure que le metabarcoding pourrait être utilisé pour une évaluation rapide et à grande échelle de la biodiversité. En revanche, à une échelle locale, les deux méthodes s’avèrent être complémentaires et permettent une compréhension de la biodiversité réelle des poissons.

 

Pour plus d’informations:
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