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Changements climatiques et convergence moléculaire, les sujets de thèses 2020 sont confirmés

Régulièrement, le LabEx CEBA accueille des étudiants au sein des équipes des laboratoires. A la sortie du confinement, le comité de direction du LabEx CEBA a validé le financement de trois sujets de thèses pour trois ans. Prévoir les bouleversements dus aux changements climatiques ou élucider les mécanismes de la convergence évolutive… Faites connaissance avec les derniers sujets étudiés par nos nouveaux élèves doctorants.

Prédire la vulnérabilité des espèces d’arbres au changement climatique en forêt Guyanaise via l’utilisation de modèles joints de distribution des espèces. Thèse de Jeanne Clément

Thèse dirigée par Pierre COUTERON et co-dirigée par Ghislain VIEILLEDENT.

Face aux changements climatiques, les forêts tropicales risquent d’être fortement bouleversées. Les espèces qui y prospèrent étant bien plus sensibles aux variations météorologiques et aux perturbations de leur environnement que celles des milieux tempérés. Des modèles de distributions d’espèces végétales sont régulièrement étudiés afin de prédire la vulnérabilité d’une espèce face aux changements à venir. Ces modèles, bien que permettant une meilleure visibilité sur l’avenir présentent le désavantage de ne pas prendre en compte les interactions entre espèces ne considérant très souvent qu’un filtrage environnemental pour prédire leur occurrence. Le travail de thèse de Jeanne Clément sera donc d’expliquer les différences de vulnérabilité des espèces aux changements climatiques d’un point de vue fonctionnel et phylogénétique et de prédire les changements d’aires de distribution des espèces et de composition des communautés d’arbres en Guyane sous l’effet du changement climatique.

Grace à ces études, la communauté scientifique saura mieux comprendre le fonctionnement de la forêt en Guyane et anticiper les changements climatiques.

Convergence moléculaire et délimitation d’espèces à l’échelle génomique chez les xénarthres de Guyane. Thèse de Mathilde Barthe

Thèse dirigée par Frédéric DELSUC.

Dans le but d’élucider les mécanismes de la convergence évolutive, les génomes complets de neufs espèces de mammifères myrmécophages et apparentés ont été séquencés. Parmi ces espèces figurent des espèces phares de xénarthres de Guyane telles que : le tamanoir (Myrmecophaga tridactyla), le tamandua (Tamandua tetradactyla), le fourmilier nain (Cyclopes didactylus), le tatou géant (Priodontes maximus), le tatou à neuf bandes (Dasypus novemcinctus) et le paresseux à trois-doigts (Bradypus tridactylus).
En premier lieu, Mathilde Barthe devra compléter les analyses en cours sur la fraction codante des génomes de mammifères myrmécophages en étudiant la fraction non-codante du génome. Des analyses comparatives permettront d’évaluer l’importance relative des changements dans les séquences codantes par rapport aux séquences régulatrices dans la convergence évolutive. La deuxième partie du travail sera d’exploiter les génomes de référence des espèces de xénarthres de Guyane pour implémenter des études de délimitation d’espèces basées sur le re-séquençage d’individus couvrant leurs aires de répartition et celles d’espèces proches.

Les génomes obtenus étant amenés à devenir les génomes de référence pour ces espèces emblématiques de la Guyane, leur valorisation permettra d’assurer une certaine visibilité de long terme à la biodiversité Guyanaise dans les domaines de la génomique évolutive et de la génomique de la conservation.

Démêler les effets de l’habitat et des changements climatiques sur les interactions biotiques et les fonctions écologiques associées dans les écosystèmes Néotropicaux. Thèse de Tristan Lafont-Rapnouilt

Thèse dirigée par Céline LEROY, co-dirigée par Régis CEREGHINO

Prévoir pour pouvoir anticiper. Le travail de Tristan Lafont-Rapnouilt étudiera les conséquences des changements climatiques et des destructions des habitats sur la biodiversité. Comprendre ces deux phénomène auto-alimentés fait partie des défis scientifiques et sociétaux majeurs des dernières années. La diversité exceptionnelle des espèces dépendantes de leur habitat et une faible tolérance physiologique face aux changements climatiques rendent les écosystèmes amazoniens extrêmement vulnérables face aux bouleversements à venir. Un changement de distribution d’une communauté, motivé par les changements pourrait avoir des conséquences fortes. En distinguant les conséquences de ces deux facteurs et leurs interactions ce travail de thèse étudiera comment la transmission des microbiotes entre générations peut atténuer ou prolonger les effets négatifs des changements climatiques en fonction des habitats.

Cette thèse permettra de prévoir les conséquences des modifications des habitats en interaction avec les changements climatiques sur la régulation biologique et le fonctionnement des écosystèmes.