La Guyane française, est un réservoir naturel détenant de nombreux agents pathogènes zoonotiques d’importance médicale ou vétérinaire. Les données présentes sur les parasites circulants dans cette région, en particulier les protozoaires du phylum Apicomplexa, sont limités. Néanmoins, les pays voisins rapportent une prévalence parasitaire élevée chez les animaux et les humains. Ainsi, une surveillance épidémiologique est nécessaire car de nouvelles souches potentiellement virulentes peuvent émerger de ces écosystèmes forestiers, comme ce fût le cas avec la toxoplasmose amazonienne. Cependant, il n’existe pas d’outil standard pour détecter les protozoaires dans la faune sauvage.
Cette étude a permis de développer un pipeline « Meat borne parasite » qui est basé sur le séquençage nanopore. Cet outil d’analyse de métabarcoding permet la description de la biodiversité parasitaire du phylum Aplocomplexes à partir des tissues animaux. Parmi les échantillons analysés, 71,42% (10/14) ont été confirmés positifs, avec détection de 28.5% (4/14) de co-infections. Les résultats ont été validés par séquençage Illumina, montrant une forte corrélation (r Pearson = 0.86; t-test p-value = 2.6 × 10−11) entre les deux plateformes jusqu’au niveau du genre.
Ce protocole offre une méthode fiable pour détecter les parasites Apicomplexa et pourrait améliorer la surveillance des agents pathogènes zoonotiques dans les écosystèmes tropicaux.
