Le 13 mars 2014, Annaïg Le Guen est devenue directrice exécutive du Laboratoire d’excellence CEBA, suite à sa prise de fonctions le 1er mars à la direction du CNRS Guyane, laboratoire qui assure la coordination du CEBA.
Après avoir occupé des postes dans le secteur privé, Annaïg Le Guen entre au CNRS en 2006, et débute sa carrière à Paris dans la gestion des programmes interdisciplinaires de recherche, dont le programme Amazonie, qui s’est déroulé en Guyane de 2004 à 2011.
À partir de fin 2009, Annaïg Le Guen se tourne vers le pilotage des Très grandes infrastructures de recherche, d’abord en tant que directrice d’une unité propre de service au CNRS, puis en détachement au ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche.
En juillet 2012, elle est nommée au sein du GENCI, Grand équipement national de calcul intensif, auquel le CNRS contribue à hauteur de 20%. Elle y assure notamment la représentation des intérêts nationaux au niveau européen.
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