Les 3 & 4 juin 2013 s’est tenu, dans la ville de Londres, un symposium sur « La biodiversité tropicale au XXIe siècle ». Cet évènement était organisé par le Natural History Museum (Muséum d’histoire naturelle) du Royaume-Uni.
Le symposium s’est focalisé plus précisément sur « Les liens entre taxonomie, génomique et théories écologiques », avec l’objectif de réfléchir sur le développement d’approches génomiques interdisciplinaires dans le but d’accélérer l’étude de la biodiversité et du fonctionnement des écosystèmes tropicaux.
L’équipe EDB (Évolution et diversité biologique), membre du CEBA, y a participé, représentée par Jérôme Murienne qui, a présenteé via un poster, un projet de recherche autour de la génomique des arthropodes mené en collaboration avec d’autres personnes, dont Amaia Iribar et Jérôme Chave (EDB), également membres du CEBA.
Voici un résumé du projet présenté :
Une approche haut-débit sans PCR pour construire des bases de références génomiques pour les arthropodes
Dans le cadre du projet METABAR, nous cherchons à estimer la biodiversité à partir d’échantillons environnementaux grâce au metabarcoding et nous travaillons actuellement sur différents emplacements sur la station de recherche des Nouragues, en Guyane française, au coeur de la forêt tropicale amazonienne.
Afin de mettre au point des bases de référence génomiques pour le projet, nous avons exploré le potentiel du séquençage haut-débit nouvelle génération afin de reconstruire des génomes mitochondriaux entiers pour des espèces connues. Nous avons utilisé une approche simple sans PCR en séquençant 15 millions de reads en paired-end par spécimen avec une Hiseq 2000, aboutissant à l’assemblage des génomes grâce à la suite OBITOOLS.
L’approche est suffisante pour reconstruire non seulement les génomes mitochondriaux complets avec une couverture adéquate, mais aussi les gènes nucléaires ribosomaux. Notre méthode a été testée avec succès sur des péripates, des faucheux, des araignées et des papillons. Cette méthode offre des possibilités pour construire une nouvelle génération de bases de références génomiques, avec des applications en métagénomique et en phylogénomique.
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Pour en savoir plus :
Poster de présentation (document en anglais)
Programme du symposium avec le résumé du projet (document en anglais – page 19)
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